Le carte del Collegio – nn. 1048-1084 dell’inventario – partono dal 1591 e si interrompono al 1797 alla vigilia dell’avvento della prima repubblica romana che determinò, sia per dissesti precedenti, sia per l’abisso che divideva i nuovi amministratori dalle logiche romane ed ecclesiastiche, l’esaurimento di fatto del Collegio. Dalle cronache presenti tra le carte della Pia casa si rileva che il Collegio non si risolleverà mai dalla condizione di depauperamento e di spoliazione di beni avvenuta negli anni napoleonici. Le carte riprendono infatti, dopo un salto di 50 anni, con gli atti della visita apostolica del 1847 indetta da Pio IX per verificare le sorti dell’istituto, nominalmente esistente negli scopi e patrimonio residuo ma per il quale non si poté che verificare l’estrema difficoltà per una sua rifondazione.
Dei duecento anni precedenti, mentre sono abbastanza complete le serie degli istromenti, delle deliberazioni di congregazione, dei libri mastri e delle filze di giustificazioni e i cataloghi degli alunni, poco rimane della contabilità giornaliera e ancor meno delle carte relative alla vita educativa e scolastica del Collegio.
Le carte del collegio Salviati sono state considerate come prodotte da un soggetto diverso dalla Pia casa come da esplicite volontà del cardinal Salviati, il quale, soprattutto con le nuove regole del 1595, blindò l’esistenza del suo istituto di modo che né la Pia casa, né altri istituzioni potessero inserirsi, subentrare partecipare nel raggiungimento degli scopi fondativi e nella proprietà e gestione dei beni.
Ciò nonostante, in considerazione dell’unitarietà che legò sempre le due istituzioni, l’ordinamento delle carte prosegue nella numerazione quelle della Pia casa, un segno del loro percorso storico istituzionale che vede separati, ma non scindibili, i loro archivi.